WTO:ta on sen synnyn jälkeen kritisoitu ennen kaikkea sen epädemokraattisuudesta ja sen pyrkimyksestä alistaa kaikki muut näkökohdat kaupan intresseille. Epädemokraattisuuden tärkeimmiksi symboleiksi ovat nousseet suurten teollisuusmaiden suljetut neuvottelut, jotka pyrkivät sekä tekemään konferenssien päätökset että pakkosyöttämään ne köyhempien maiden edustajille. Viimeksi mainittujen mukaan päätökset lyödään läpi suoranaisella kiristyksellä, joissa pienten maiden rintama hajotetaan esimerkiksi uhkaamalla lainojen loppumisella. Myös kauppakiistojen ratkaisumenettelyä on kritisoitu. Ratkaisun tekevät virkamiehet, jotka eivät ole esim. yleiskokouksen valitsemia, vaan pienen eliitin nimittämiä, ja neuvottelut käydään suljettujen ovien takana. Esimerkiksi kansalaisjärjestöt pääsevät käsiksi neuvotteluissa käytettyihin todisteisiin ja asiantuntijalausuntoihin vasta sitten, kun päätökset on jo tehty.

Kauppaintressien ylivallasta on lukuisia esimerkkejä. WTO:n piirissä maat voivat kieltää tiettyjen tuotteiden maahantuonnin suojellakseen omaa tuotantoaan, mutta niitä ei saa erotella tuotantoprosessien mukaan. Näin mitään eettisiä näkökohtia, koskevat ne sitten työvoiman, alkuperäiskansojen, eläinten tai muun luonnon riistoa, ei käytännössä voi ottaa huomioon. WTO on siten tehnyt nk. varovaisuusperiaatteen laittomaksi. "Laittomista" kaupan esteistä seuraa vakavia sanktioita. WWF:n mukaan WTO uhkaa olemassaolollaan kaikkia seitsemää merkittävintä kansainvälistä ympäristösopimusta, esim. Kioton asiakirjaa (vaikkei se kovin merkittäväksi ole muodostunutkaan

) WTO on tehnyt päätöksiä delfiinien ja merikilpikonnien suojelua vastaan, kieltänyt EU:ta suosimaan pieniä banaanintuottajia, pyrkinyt estämään Ranskan uuden tiukemman asbestilain, ja haluaa patenttilaeilla nostaa lääkkeiden hintaa maailmalla. Massachusettsin osavaltiossa solmittu laki, joka boikotoi Myanmarin diktatorisen hallinnon tuotteita, joutui sekin WTO:n silmätikuksi.

Reformi vai lakkautus?

WTO-kritiikissä on kuitenkin usein jääty pelkälle valtiokeskustelun tasolle: nk. kehitysmaat ovat kritisoineet teollisuusmaita niiden syrjimisestä, ja vapaakauppaa pidetään uhkana valtioiden suvereniteetille. Toki tämä kritiikki osuu sikäli oikeaan, että suurten teollisuusmaiden blokit näennäisistä ristiriidoistaan (esim. EU-USA "kauppasota") huolimatta ovat liittoutuneet köyhimpiä maita vastaan. Mutta tämä näkökulma jättää huomiotta valtioiden sisällä, niiden välimaastossa ja jo niiden yli toimivien ylikansallisten yhtiöiden vallan. Se jättää huomiotta myös maiden sisäisen epätasa-arvon: kun uutisotsikoissa mainitaan nk. kehitysmaiden kaipaavan vapaata kauppaa, vaatimuksen ovat esittäneet niiden hallitukset ja ne intressiryhmät, jotka hyötyisivät mm. rahakasvien ja raaka-aineiden viennistä. Maiden kansalaisjärjestöjen kritiikki on helppo unohtaa.

Vaikka nk. kehitysmaat saisivatkin murrettua teollisuusmaiden protektionistiset kauppamuurit, mikä oli niiden suurin vaatimus Seattlessa, murtaa vapaakauppa silti paikallisen tason sosiaalisia rakenteita suosiessaan suuria investointeja esim. alkuperäiskansojen maille, ja vahvistaessaan ylikansallisten yritysten otetta vaikkapa siemen-, maa- ja vesivaroista. Vapaakaupan näkökulmasta kulttuurinen ja biologinen diversiteetti on haitta; se pyrkii maailman yksikasvoistamiseen "harmonisoinnin" steriilin termin nimessä.

Vapaakauppaideologian kieli esittää liberalisoinnin hyödyt juuri niin abstraktilla tasolla, hävittäen paikallisen tason tapahtumat ja ruohonjuuritason, että ongelmat ja epätasa-arvo jäävät piiloon, samoin todelliset syylliset. Jos ongelmista puhutaan, niistä syytetään valtiojärjestelmän rippeitä, vääjäämättömäksi väitetyn globalisaation keskeneräisyyttä. Tämä ideologia on kuitenkin murtumassa. Joitain asioita voitaisiin muuttaa reformilla, mutta yhä useammat vastustajat ovat alkaneet vaatia koko järjestelmän murskaamista. Intialaisten maanviljelijöiden sanoin: "WTO kills! Kill WTO!"

Millenium Round

Seattlessa järjestettiin WTO:n kolmas suuri konferenssi, jonka tarkoituksena oli nk. Millenium-neuvottelukierroksen aloittaminen. Uuden neuvottelukierroksen tärkeimpiä aiheita olivat investointien vapauttaminen (eli MAI-sopimuksen henkiin herättäminen), maatalouden harmonisointi, metsäteollisuuden vapauttaminen sekä nk. TRIPS-oikeudet, eli käytännössä elämän patentoiminen. Uutta neuvottelukierrosta ajoivat ennen kaikkea Yhdysvallat ja EU. Sen oli tarkoitus kestää kolme vuota. Toisin kävi.